Thông tư đã quy định các phương tiện thủy nội địa, tàu biển hoạt động trên đường thủy nội địa phải tuân thủ các quy định về bảo vệ môi trường, cụ thể: Phương tiện thủy nội địa phải tuân thủ quy định của pháp luật hiện hành về quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về ngăn ngừa ô nhiễm do phương tiện thủy nội địa; tàu biển phải tuân thủ quy định của pháp luật hiện hành về quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về các hệ thống ngăn ngừa ô nhiễm biển của tàu; phương tiện thủy nội địa, tàu biển hoạt động trên đường thủy nội địa phải có thiết bị che chắn, không để rơi hàng hóa, bụi phát tán gây ô nhiễm môi trường; không đổ các chất thải ra đường thủy nội địa; phương tiện thủy nội địa, tàu biển phải có Kế hoạch ứng cứu ô nhiễm dầu, ô nhiễm hóa chất theo quy định củạ pháp luật hỉện hành; phương tiện thủy nội địa, tàu biển gây sự cố tràn dầu, chủ phương tiện, chủ tàu biển phải thực hiện việc ứng phó sự cố tràn dầu theo quy định của pháp luật hiện hành.

Đồng thời, Thông tư còn quy định nội dung bảo vệ môi trường đối với cảng, bến thủy nội địa; đối với cơ sở đóng mới, hoán cải, sửa chữa phục hồi phương tiện; trong công tác quy hoạch phát triển kết cấu hạ tầng giao thông đường thủy nội địa; trong xây dựng, cải tạo, nâng cấp kết cấu hạ tầng giao thông đường thủy nội địa; cũng như trách nhiệm của Bộ Giao thông vận tải, Bộ Tài nguyên và Môi trường, Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và các tổ chức, cá nhân có liên quan đến hoạt động giao thông đường thủy nội địa.