Bộ trưởng yêu cầu Tổng cục tập trung vào việc rà soát lại toàn bộ  văn bản pháp luật về môi trường, kể cả Luật Bảo vệ môi trường, để có kế hoạch sửa đổi bổ sung phù hợp thực tế; xây dựng hệ thống tiêu chuẩn môi trường, hệ thống định mức kinh tế kỹ thuật và triển khai chủ trương, kế hoạch kinh tế hóa ngành môi trường của Bộ. “Tổng cục cần tạo ra sự đột phá trong việc bảo vệ môi trường các lưu vực sông, các khu công  nghiệp, các điểm nóng ô nhiễm và rác thải nông thôn. Trong đó công tác thanh tra, kiểm tra, kiểm soát ô nhiễm cần triển khai quyết liệt”. Bộ trưởng Phạm Khôi Nguyên nhấn mạnh.

Theo báo cáo của PGS.TS Bùi Cách Tuyến, Tổng cục trưởng Tổng cục Môi trường, năm 2009, Tổng cục đã chủ trì xây dựng 21 văn bản pháp luật, (có 2 văn bản thuộc thẩm quyền ban hành của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ) và 4 văn bản ngoài danh mục, chiếm 43% tổng số văn bản pháp luật năm 2009 của Bộ Tài nguyên và Môi trường.

Thanh tra Tổng cục đã tiến hành thanh tra, kiểm tra đối với 800 cơ sở sản xuất kinh doanh trên phạm vi cả nước; trong đó có việc phát hiện những vi phạm nghiêm trọng, kéo dài của Công ty cổ phần Bia Sài Gòn - Nghệ Tĩnh với tổng số tiền xử phạt 72.250.000 đồng, truy thu phí nước thải 1.088.000.000 đồng, áp dụng các biện pháp  khắc phục hậu quả nghiêm túc.

Tổng cục phối hợp với các đơn vị trong và ngoài Bộ triển khai việc kiểm tra khắc phục vi phạm về bảo vệ môi trường của Công ty Cổ phần hữu hạn Vedan Việt Nam xả nước thải gây ô nhiễm sông Thị Vải; Công ty TNHH Nhà máy tàu biển Huyndai-Vinashin xử lý hạt Nix thải; Công ty Supe phốt phát và Hóa chất Lâm Thao, Tổng Công ty Giấy Việt nam, Công ty TNHH Miwon thuộc tỉnh Phú Thọ; kiểm tra công tác bảo vệ môi trường của Công ty TNHH Hưng Nghiệp Formosa; tham gia Đoàn công tác của Bộ kiểm tra việc triển khai các dự án khai thác quặng bauxite tại Tây Nguyên theo chỉ đạo của Chính phủ…

Triển khai chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ về Kế hoạch Quốc gia kiểm soát ô nhiễm môi trường đến năm 2010, Tổng cục đã xây dựng và triển khai thực hiện “Dự án Bảo vệ môi trường làng nghề” và “Chương trình Điều tra, đánh giá mức độ ô nhiễm xuyên biên giới đối với các hệ thống sông Hồng, sông Mê Kông”; tổ chức nghiên cứu, đề xuất các nội dung nhằm hoàn thiện hệ thống thể chế , chính sách về quản lý các chất ô nhiễm hữu cơ khó phân hủy; Xây dựng và trình Bộ ban hành các quy chuẩn kỹ thuật Quốc gia về chất lượng môi trường không khí xung quanh; chất lượng không khí-nồng độ tối đa cho phép của một số chất độc hại trong không khí xung quanh.

Đặc biệt, Tổng cục đã nghiêm túc triển khai các quyết định, văn bản chỉ đạo của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ như thực hiện kế hoạch xử lý triệt để các cơ sở gây ô nhiễm nghiêm trọng theo Quyết định 64, các Đề án Bảo vệ môi trường lưu vực sông; triển khai Quy hoạch tổng thể mạng lưới quan trắc tài nguyên và môi trường Quốc gia; triển khai Luật Đa dạng sinh học và Kế hoạch hành động đa dạng sinh học đến năm 2010 và định hướng đến năm 2020; thực hiện Công ước Đa dạng sinh học và Nghị định thư Cartagenna về an toàn sinh học.

 Phát biểu tại Hội Nghị, Thứ trưởng Nguyễn Xuân Cường đặc biệt biểu dương Tổng cục trong việc nhạy cảm, chủ động triển khai các công việc đánh giá tác động môi trường thủy điện, triển khai Luật Đa dạng sinh học. "Công tác thanh tra quyết liệt, tháo gỡ cơ bản những điểm nóng môi trường như Vedan, Bia Sài Gòn- Hà Tĩnh.. tạo sự đồng thuận cao trong xã hội”.