Bệnh viện Y dược cổ truyền tỉnh Ninh Thuận là đơn vị sự nghịêp y tế, trực thuộc Sở Y tế; chịu sự quản lý và chỉ đạo trực tiếp, toàn diện của Sở Y tế; chịu sự quản lý và chỉ đạo về chuyên môn, nghiệp vụ của Bộ Y tế.

Bệnh viện có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng để hoạt động theo quy định của pháp luật; có trụ sở đặt tại thành phố Phan Rang-Tháp Chàm, tỉnh Ninh Thuận.

Giám đốc Sở Y tế có trách nhiệm căn cứ các quy định của pháp luật hiện hành, ban hành Quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức bộ máy của Bệnh viện Y dược cổ truyền tỉnh Ninh Thuận đảm bảo hoạt động hiệu quả./.