Mục tiêu của Đề án đến năm 2015 đạt sản lượng con giống 12,21 tỷ con; gồm: 11,5 tỷ con tôm giống sạch bệnh, chất lượng cao; và gần 01 tỷ con giống thủy sản khác. 20% cơ sở giống đáp ứng tiêu chí VietGAP, trong đó 5% cơ sở đạt tiêu chuẩn GlobalGap hoặc ACC; ít nhất 03 doanh nghiệp áp dụng công nghệ cao. Đến năm 2020 nâng sản lượng con giống đạt 18,2 tỷ con, trong đó 17 tỷ con tôm giống sạch bệnh, chất lượng cao và 1,2 tỷ con giống thủy sản khác. 40% cơ sở giống đáp ứng tiêu chí VietGAP, trong đó có 10% cơ sở đạt tiêu chuẩn GlobalGap hoặc ACC; ít nhất 10 doanh nghiệp áp dụng công nghệ cao.

Đề án tập trung vào 06 nhóm nhiệm vụ chính gồm:  Hoàn thành quy hoạch nuôi trồng thuỷ sản tỉnh Ninh Thuận đến năm 2020; Đầu tư cơ sở hạ tầng vùng sản xuất và kiểm định giống tập trung Nhơn Hải, huyện Ninh Hải; Hoàn thiện cơ sở hạ tầng vùng sản xuất và kiểm định giống thuỷ sản tập trung An Hải, huyện Ninh Phước; Xây dựng hệ thống quan trắc cảnh báo môi trường dịch bệnh và quản lý giám sát môi trường các vùng sản xuất giống tập trung; Tổ chức lại và nâng cao năng lực hoạt động của các cơ quan đầu mối về tiếp nhận, chuyển giao các quy trình công nghệ mới trong sản xuất, đào tạo kỹ thuật viên cho các cơ sở sản xuất;. Tổ chức lại sản xuất theo hướng hình thành các hình thức liên kết, hợp tác để nâng cao năng lực tài chính, đầu tư KHCN, nâng cao khả năng cạnh tranh, xây dựng thương hiệu tôm giống Ninh Thuận.

Tổng nhu cầu vốn thực hiện Đề án vào khoảng 464 tỷ đồng được huy động  từ các nguồn vốn gồm: vốn ngân sách ( chiếm 60%), vốn tín dụng ( chiếm 10%) và vốn tự có và huy động ( chiếm 30%)./.